|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Vliv epigenetických modifikací na replikaci a transkripci DNA viru hepatitidy B
Hofman, Tomáš ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Virus hepatitidy B vytváří v jádrech infikovaných hepatocytů stabilní cccDNA odolnou vůči degradaci se schopností perzistence po mnoho let. Hlavní roli v perzistenci cccDNA hrají epigenetické mechanismy regulující transkripci a replikaci v různých fázích infekce. Mezi hlavní regulační epigenetické mechanismy HBV patří metylace CpG ostrovů, acetylace a metylace cccDNA vazných histonů a RNA interference. Metylace CpG je spojena s interakcí kapsidového proteinu, jehož vazba na cccDNA podporuje transkripci a odlišuje tak strukturně virový genom od hostitelského. X protein kromě metylace CpG ovlivňuje hlavně histonové modifikace interakcí s hostitelskými proteiny, čímž je schopen vyřadit inhibiční vlivy a podpořit virovou transkripci aktivačními modifikacemi. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky týkající se epigenetické regulace cccDNA. Klíčová slova: HBV, cccDNA, replikace a transkripce HBV DNA, histonové modifikace, metylace CpG, CpG ostrovy, HBx, HBc, IFNα, IL-6
|
|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
host ::
RSS.